Campus Agriculture Center

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Collaborations and top research areas from the last five years

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  • Identification of constrained sequence elements across 239 primate genomes

    Kuderna, L. F. K., Ulirsch, J. C., Rashid, S., Ameen, M., Sundaram, L., Hickey, G., Cox, A. J., Gao, H., Kumar, A., Aguet, F., Christmas, M. J., Clawson, H., Haeussler, M., Janiak, M. C., Kuhlwilm, M., Orkin, J. D., Bataillon, T., Manu, S., Valenzuela, A. & Bergman, J. & 72 others, Rouselle, M., Silva, F. E., Agueda, L., Blanc, J., Gut, M., de Vries, D., Goodhead, I., Harris, R. A., Raveendran, M., Jensen, A., Chuma, I. S., Horvath, J. E., Hvilsom, C., Juan, D., Frandsen, P., Schraiber, J. G., de Melo, F. R., Bertuol, F., Byrne, H., Sampaio, I., Farias, I., Valsecchi, J., Messias, M., da Silva, M. N. F., Trivedi, M., Rossi, R., Hrbek, T., Andriaholinirina, N., Rabarivola, C. J., Zaramody, A., Jolly, C. J., Phillips-Conroy, J., Wilkerson, G., Abee, C., Simmons, J. H., Fernandez-Duque, E., Kanthaswamy, S., Shiferaw, F., Wu, D., Zhou, L., Shao, Y., Zhang, G., Keyyu, J. D., Knauf, S., Le, M. D., Lizano, E., Merker, S., Navarro, A., Nadler, T., Khor, C. C., Lee, J., Tan, P., Lim, W. K., Kitchener, A. C., Zinner, D., Gut, I., Melin, A. D., Guschanski, K., Schierup, M. H., Beck, R. M. D., Karakikes, I., Wang, K. C., Umapathy, G., Roos, C., Boubli, J. P., Siepel, A., Kundaje, A., Paten, B., Lindblad-Toh, K., Rogers, J., Marques Bonet, T. & Farh, K. K. H., Jan 25 2024, In: Nature. 625, 7996, p. 735-742 8 p.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

    Open Access
    14 Scopus citations

  • A global catalog of whole-genome diversity from 233 primate species

    Kuderna, L. F. K., Gao, H., Janiak, M. C., Kuhlwilm, M., Orkin, J. D., Bataillon, T., Manu, S., Valenzuela, A., Bergman, J., Rousselle, M., Silva, F. E., Agueda, L., Blanc, J., Gut, M., de Vries, D., Goodhead, I., Harris, R. A., Raveendran, M., Jensen, A. & Chuma, I. S. & 55 others, Horvath, J. E., Hvilsom, C., Juan, D., Frandsen, P., Schraiber, J. G., de Melo, F. R., Bertuol, F., Byrne, H., Sampaio, I., Farias, I., Valsecchi, J., Messias, M., da Silva, M. N. F., Trivedi, M., Rossi, R., Hrbek, T., Andriaholinirina, N., Rabarivola, C. J., Zaramody, A., Jolly, C. J., Phillips-Conroy, J., Wilkerson, G., Abee, C., Simmons, J. H., Fernandez-Duque, E., Kanthaswamy, S., Shiferaw, F., Wu, D., Zhou, L., Shao, Y., Zhang, G., Keyyu, J. D., Knauf, S., Le, M. D., Lizano, E., Merker, S., Navarro, A., Nadler, T., Khor, C. C., Lee, J., Tan, P., Lim, W. K., Kitchener, A. C., Zinner, D., Gut, I., Melin, A. D., Guschanski, K., Schierup, M. H., Beck, R. M. D., Umapathy, G., Roos, C., Boubli, J. P., Rogers, J., Farh, K. K. H. & Bonet, T. M., Jun 2 2023, In: Science. 380, 6648, p. 906-913 8 p.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

    Open Access
    45 Scopus citations

  • The landscape of tolerated genetic variation in humans and primates

    Gao, H., Hamp, T., Ede, J., Schraiber, J. G., McRae, J., Singer-Berk, M., Yang, Y., Dietrich, A. S. D., Fiziev, P. P., Kuderna, L. F. K., Sundaram, L., Wu, Y., Adhikari, A., Field, Y., Chen, C., Batzoglou, S., Aguet, F., Lemire, G., Reimers, R. & Balick, D. & 77 others, Janiak, M. C., Kuhlwilm, M., Orkin, J. D., Manu, S., Valenzuela, A., Bergman, J., Rousselle, M., Silva, F. E., Agueda, L., Blanc, J., Gut, M., de Vries, D., Goodhead, I., Harris, R. A., Raveendran, M., Jensen, A., Chuma, I. S., Horvath, J. E., Hvilsom, C., Juan, D., Frandsen, P., de Melo, F. R., Bertuol, F., Byrne, H., Sampaio, I., Farias, I., do Amaral, J. V., Messias, M., da Silva, M. N. F., Trivedi, M., Rossi, R., Hrbek, T., Andriaholinirina, N., Rabarivola, C. J., Zaramody, A., Jolly, C. J., Phillips-Conroy, J., Wilkerson, G., Abee, C., Simmons, J. H., Fernandez-Duque, E., Kanthaswamy, S., Shiferaw, F., Wu, D., Zhou, L., Shao, Y., Zhang, G., Keyyu, J. D., Knauf, S., Le, M. D., Lizano, E., Merker, S., Navarro, A., Bataillon, T., Nadler, T., Khor, C. C., Lee, J., Tan, P., Lim, W. K., Kitchener, A. C., Zinner, D., Gut, I., Melin, A., Guschanski, K., Schierup, M. H., Beck, R. M. D., Umapathy, G., Roos, C., Boubli, J. P., Lek, M., Sunyaev, S., O’Donnell-Luria, A., Rehm, H. L., Xu, J., Rogers, J., Marques-Bonet, T. & Farh, K. K. H., Jun 2 2023, In: Science. 380, 6648, eabn8197.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

    Open Access
    41 Scopus citations
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  • Comparison between published values of phylogenetic signal and values found in the present study from Evolutionary heritage influences Amazon tree ecology

    De Camargo, P. B. (Contributor), Young, K. R. (Contributor), Higuchi, N. (Contributor), Bonal, D. (Contributor), Silveira, M. (Contributor), Herrera, R. (Contributor), Peñuela-Mora, M. C. (Contributor), Lloyd, J. (Contributor), Andrade, A. (Contributor), Dexter, K. G. (Contributor), Laurance, W. F. (Contributor), Van Der Hout, P. (Contributor), Mendoza, C. (Contributor), Álvarez-Dávila, E. (Contributor), Marimon-Junior, B. H. (Contributor), Prieto, A. (Contributor), Neill, D. A. (Contributor), Lenza, E. (Contributor), Laurance, S. (Contributor), Elias, F. (Contributor), Vasquez, R. V. (Contributor), Boot, R. G. A. (Contributor), Coronado, E. N. H. (Contributor), Marimon, B. S. (Contributor), Mendoza, A. M. (Contributor), Poorter, L. (Contributor), Vilanova, E. (Contributor), Alexiades, M. (Contributor), Salomão, R. P. (Contributor), Toby Pennington, P. R. (Contributor), Ramirez-Angulo, H. (Contributor), Pipoly, J. J. (Contributor), Barroso, J. G. (Contributor), Vargas, P. N. (Contributor), Vos, V. A. (Contributor), Ferreira, L. (Contributor), Fyllas, N. M. (Contributor), Rudas, A. (Contributor), Wang, O. (Contributor), Pitman, N. C. A. (Contributor), Camargo, J. L. C. (Contributor), Aragão, L. E. O. C. (Contributor), De Souza, F. C. (Contributor), Vieira, S. A. (Contributor), Oliveira, E. A. (Contributor), Erwin, T. L. (Contributor), Feldpausch, T. R. (Contributor), Arets, E. J. M. M. (Contributor), Morandi, P. (Contributor), Araujo-Murakami, A. (Contributor), Ruokolainen, K. (Contributor), Quesada, C. A. (Contributor), Brienen, R. J. W. (Contributor), Zagt, R. J. (Contributor), Baraloto, C. (Contributor), Killeen, T. J. (Contributor), Gloor, E. (Contributor), Maracahipes, L. (Contributor), Baker, T. R. (Contributor), Van Der Heijden, G. M. F. (Contributor), Chave, J. (Contributor), Lovejoy, T. E. (Contributor), Stropp, J. (Contributor), Steege, H. T. (Contributor), Comiskey, J. A. (Contributor), Aymard C., G. A. (Contributor), Thomas-Caesar, R. (Contributor), Herault, B. (Contributor), Palacios, W. A. (Contributor), Gonzalez, G. L. (Contributor), Valverde, F. C. (Contributor), Galbraith, D. R. (Contributor), Di Fiore, A. (Contributor), Van Der Meer, P. J. (Contributor), Phillips, O. L. (Contributor) & Malhi, Y. (Contributor), figshare Academic Research System, Jan 1 2016

    DOI: 10.6084/m9.figshare.4253651.v1, https://doi.org/10.6084%2Fm9.figshare.4253651.v1

    Dataset

  • Phylogeny of 497 Amazonian tree genera from Evolutionary heritage influences Amazon tree ecology

    De Souza, F. C. (Contributor), Pipoly, J. J. (Contributor), Vasquez, R. V. (Contributor), De Camargo, P. B. (Contributor), Gloor, E. (Contributor), Valverde, F. C. (Contributor), Mendoza, A. M. (Contributor), Ferreira, L. (Contributor), Aymard C., G. A. (Contributor), Vilanova, E. (Contributor), Pitman, N. C. A. (Contributor), Herrera, R. (Contributor), Coronado, E. N. H. (Contributor), Camargo, J. L. C. (Contributor), Killeen, T. J. (Contributor), Laurance, W. F. (Contributor), Rudas, A. (Contributor), Arets, E. J. M. M. (Contributor), Silveira, M. (Contributor), Vos, V. A. (Contributor), Barroso, J. G. (Contributor), Steege, H. T. (Contributor), Lenza, E. (Contributor), Salomão, R. P. (Contributor), Aragão, L. E. O. C. (Contributor), Lovejoy, T. E. (Contributor), Toby Pennington, P. R. (Contributor), Peñuela-Mora, M. C. (Contributor), Dexter, K. G. (Contributor), Malhi, Y. (Contributor), Ruokolainen, K. (Contributor), Marimon-Junior, B. H. (Contributor), Baker, T. R. (Contributor), Herault, B. (Contributor), Erwin, T. L. (Contributor), Di Fiore, A. (Contributor), Vargas, P. N. (Contributor), Álvarez-Dávila, E. (Contributor), Quesada, C. A. (Contributor), Brienen, R. J. W. (Contributor), Ramirez-Angulo, H. (Contributor), Gonzalez, G. L. (Contributor), Poorter, L. (Contributor), Van Der Heijden, G. M. F. (Contributor), Van Der Meer, P. J. (Contributor), Higuchi, N. (Contributor), Feldpausch, T. R. (Contributor), Zagt, R. J. (Contributor), Andrade, A. (Contributor), Laurance, S. (Contributor), Fyllas, N. M. (Contributor), Galbraith, D. R. (Contributor), Stropp, J. (Contributor), Bonal, D. (Contributor), Chave, J. (Contributor), Vieira, S. A. (Contributor), Phillips, O. L. (Contributor), Van Der Hout, P. (Contributor), Neill, D. A. (Contributor), Oliveira, E. A. (Contributor), Mendoza, C. (Contributor), Maracahipes, L. (Contributor), Comiskey, J. A. (Contributor), Alexiades, M. (Contributor), Palacios, W. A. (Contributor), Baraloto, C. (Contributor), Boot, R. G. A. (Contributor), Lloyd, J. (Contributor), Wang, O. (Contributor), Elias, F. (Contributor), Marimon, B. S. (Contributor), Young, K. R. (Contributor), Thomas-Caesar, R. (Contributor), Prieto, A. (Contributor), Morandi, P. (Contributor) & Araujo-Murakami, A. (Contributor), figshare Academic Research System, Jan 1 2016

    DOI: 10.6084/m9.figshare.4253645.v1, https://doi.org/10.6084%2Fm9.figshare.4253645.v1

    Dataset

  • List of plot data used in the present study from Evolutionary heritage influences Amazon tree ecology

    Lenza, E. (Contributor), Toby Pennington, P. R. (Contributor), Alexiades, M. (Contributor), Galbraith, D. R. (Contributor), Arets, E. J. M. M. (Contributor), Steege, H. T. (Contributor), Mendoza, C. (Contributor), Elias, F. (Contributor), Lovejoy, T. E. (Contributor), Pipoly, J. J. (Contributor), Vasquez, R. V. (Contributor), Van Der Heijden, G. M. F. (Contributor), Valverde, F. C. (Contributor), Morandi, P. (Contributor), Boot, R. G. A. (Contributor), Baraloto, C. (Contributor), Pitman, N. C. A. (Contributor), Silveira, M. (Contributor), Lloyd, J. (Contributor), Comiskey, J. A. (Contributor), Camargo, J. L. C. (Contributor), De Camargo, P. B. (Contributor), Zagt, R. J. (Contributor), Brienen, R. J. W. (Contributor), Coronado, E. N. H. (Contributor), Álvarez-Dávila, E. (Contributor), Peñuela-Mora, M. C. (Contributor), Di Fiore, A. (Contributor), Laurance, W. F. (Contributor), Thomas-Caesar, R. (Contributor), Marimon-Junior, B. H. (Contributor), Marimon, B. S. (Contributor), Oliveira, E. A. (Contributor), Erwin, T. L. (Contributor), Van Der Meer, P. J. (Contributor), Maracahipes, L. (Contributor), Aymard C., G. A. (Contributor), Mendoza, A. M. (Contributor), Phillips, O. L. (Contributor), Young, K. R. (Contributor), Palacios, W. A. (Contributor), Laurance, S. (Contributor), Quesada, C. A. (Contributor), Ruokolainen, K. (Contributor), Feldpausch, T. R. (Contributor), Barroso, J. G. (Contributor), Vieira, S. A. (Contributor), Stropp, J. (Contributor), Rudas, A. (Contributor), Ramirez-Angulo, H. (Contributor), Gloor, E. (Contributor), Wang, O. (Contributor), Ferreira, L. (Contributor), Aragão, L. E. O. C. (Contributor), Vos, V. A. (Contributor), Herault, B. (Contributor), Dexter, K. G. (Contributor), Baker, T. R. (Contributor), Fyllas, N. M. (Contributor), Araujo-Murakami, A. (Contributor), De Souza, F. C. (Contributor), Salomão, R. P. (Contributor), Vargas, P. N. (Contributor), Gonzalez, G. L. (Contributor), Herrera, R. (Contributor), Andrade, A. (Contributor), Poorter, L. (Contributor), Van Der Hout, P. (Contributor), Higuchi, N. (Contributor), Neill, D. A. (Contributor), Killeen, T. J. (Contributor), Bonal, D. (Contributor), Malhi, Y. (Contributor), Chave, J. (Contributor), Vilanova, E. (Contributor) & Prieto, A. (Contributor), figshare Academic Research System, Jan 1 2016

    DOI: 10.6084/m9.figshare.4253654.v1, https://doi.org/10.6084%2Fm9.figshare.4253654.v1

    Dataset

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